단학의 ‘기’에 해당하는 개념이 요가에서는 ‘프라나’이다. 프라나가 응집해 생명의 원천이 되는 곳이 ‘차크라’인데, 요가에서는 우리 몸에 총 7개의 차크라가 있다고 제시한다. 항문에서부터 단전 배꼽 심장 목 미간 정수리로 이어지는 차크라가 그것이다. 꾸준한 요가 수련으로 기를 활성화해 잠자는 에너지에 충격을 주다 보면 회음(항문과 성기 사이) 부위에 숨겨져 있던 쿤달리니(우리 내면에 숨어 있는 엄청난 힘)가 깨어나면서 몸과 마음이 극치의 상태에 이르게 된다고 요가에서는 설명하고 있다.

이에 비해 단학에서는 기가 집결하는 센터를 단전(丹田)이라고 부른다. 그중에서도 가장 중요한 것이 상단전·중단전·하단전의 3단전이다. 3단전의 정확한 위치에 대해서는 의견이 분분한데, 보통 하단전은 배꼽 세 치 아래, 중단전은 가슴의 전중혈, 상단전은 양 눈썹 사이 인당혈에 있다고 보면 무방하다. 단학에서는 일단 단전 호흡을 통해 이들 단전에 기를 모은 다음, 모은 기를 경락을 따라 순환시키는 운기(運氣)를 통해 신선의 경지에 오를 수 있다고 한다.

요가의 차크라와 단학의 단전은 그 위치부터 약간씩 차이가 있다. ‘나디’(요가에서 말하는 기가 흘러 다니는 통로)와 경락도 서로 다르다. 요가의 나디는 척추를 가로 세로로 교차하는 형태이지만 단학의 임·독맥은 원형으로 순환하는 형태이다. 뿐만 아니라 단학에는 아예 쿤달리니와 비슷한 개념 자체가 없다. 요가에서도 마찬가지로 ‘기를 순환시킨다’는 개념 자체가 성립하기 어렵다.