JMS 신도 대다수는 정명석 총재가 여신도들을 강간하기는커녕 성관계 자체를 가진 적이 없다고 굳게 믿고 있다. 하지만 그 믿음은 법원 판결과는 차이가 난다.

2002년 8월20일 서울지방법원이 선고한 판결문에 따르면 ‘JMS 신도인 피고 장 아무개씨는 1994년 가을경 일명 월명동 소재 정명석의 사택에서 ○○○이 보는 가운데 정명석과 성관계를 가지고 그룹 섹스를 하였음에도 불구하고’ 법정에서 그런 사실이 없다고 위증을 했다. 법원은 그에게 징역 1년을 선고했다. 이 판결에 대해 피고인측은 이후 상고했고, 2003년 7월25일 대법원에서 기각되어 선고 내용이 확정되었다. 정명석 총재가 신도들과 집단 섹스를 했다는 사실을 대법원이 인정한 것이다.

이 판결에 대해 JMS측 대변인 역할을 맡고 있는 배재용 목사는 “하늘만이 아는 문제 아니겠느냐. 법적 판단이라는 게 잘못될 수도 있다. 우리는 그런 사실(그룹 섹스)를 믿지 않는다”라고 말했다.

대법원 확정 판결을 받은 것은 아니지만 정명석 총재의 성폭행 사실을 인정하는 2심(고등법원) 판례도 있다. 2003년 7월24일 서울지방법원은 JMS 신도 7명이 성폭행을 당했다며 정명석에게 낸 손해배상 청구소송에서 정씨의 혐의를 인정해 1인당 1천만~1억 원씩 모두 3억8천만원을 지급하라고 원고 승소 판결했다. 이 판결 내용은 2006년 3월26일 고등법원에서 원고 한 명에 관한 사항을 제외하고 모두 인정(항소 기각)되었다. 한 명이 제외된 이유는 범죄 사실이 없다고 법원이 인정해서가 아니라 시효(時效)가 지났기 때문이었다. 고등법원이 정명석 총재가 여성 여섯 명을 성폭행한 사실을 인정한 것은 분명하다. 정명석측은 이 판결에 불복해 대법원에 상고한 상태다.