구당 김남수옹의 침뜸 치료를 둘러싼 논란은 위암 투병 중이던 영화배우 고 장진영씨가 2009년 9월 사망한 이후 불거졌다. 대한한의사협회는 구당과 이상호 MBC 기자가 장씨의 치료와 관련해 허위 주장을 펼치고 있다고 주장했다. 이기자는 구당과의 인터뷰를 토대로 <구당 김남수, 침뜸과의 대화>라는 책을 발간한 바 있다. 구당측은 “장씨의 증세가 극적으로 호전되던 중 침뜸 치료를 뒤늦게 안 병원측의 반대로 침뜸 치료가 중단되었다”라고 주장했다. 한의사협회측은 “치료 초기에 증세가 호전되었을 무렵 주치의의 수술 권유를 거부한 장씨의 병세가 그 후 침뜸 시술 중 갑자기 악화된 후에야 병원에서 침뜸 시술을 중단시켰다”라는 것이다. 장씨의 남편이었던 김영균씨도 책 <그녀에게 보내는 마지막 선물>을 통해 협회측의 주장에 가세했다.
지난해 11월13일 SBS 보도는 이같은 논란에 불을 지폈다. <뉴스추적>은 이날 방송된 ‘현대판 화타, 구당 김남수 미스터리’ 편에서 장씨의 진단 소견서, CT 촬영분 일체, 관계자 증언 등을 토대로 구당의 침뜸 효과와 치료 경력에 의혹을 제기했다. 장씨의 남편 김씨는 방송 인터뷰에서 “침뜸으로 100% 나을 수 있게끔 해주겠다고 하니까 그것을 믿었다”라고 주장했다. 그러자 올해 초 구당과 이기자가 반박에 나섰다. 이기자는 장씨의 치료 과정을 담은 책 <희망이 세상을 고친다>와 구당과 함께 가진 기자회견을 통해 이러한 의혹이 모두 사실이 아니라며 SBS측의 사과를 촉구했다. SBS 관계자는 중재위 결정과 관련해 “정정 보도할 내용 자체가 없다”라고 밝혔다.
