휴대전화 전자파 논란과 관련해 또 한 가지 주목되는 것이 정부 내 엇박자이다. 정부는 지난 2000년 10월 전자파 인체 보호 기준을 정해 지속적으로 연구해 오고 있다. 정보통신부와 산업자원부, 환경부 등이 외부 연구기관들에 용역을 발주해 활발한 조사를 벌여왔다. 그러나 부처 간 이견으로 인해 아직까지 가시적인 성과를 내지 못하고 있다.

환경부는 지난 2006년과 2007년 두 차례에 걸쳐 17개월간 전자파 노출 인구 산정 및 건강 영향 조사를 벌였으나 아직까지 뚜렷한 결과물을 내지 못하고 있다. 전종철 환경부 생활환경과 사무관은 “당초 다양한 조사를 통해 전자파 연구를 위한 장기 기술 로드맵을 마련할 예정이었다. 그러나 지식경제부나 방송통신위원회와 법적인 분규의 소지가 있어 조사에 어려움을 겪고 있다”라고 토로했다. 이와 관련해 방통위측은 “정보통신 관련 부처가 조사를 주도하는 것이 바람직하다”라고 주장한다. 조관복 방송통신위원회 사무관은 “전세계적으로도 전자파 관련 연구를 담당하는 부처는 정보통신 쪽이다. 우리가 로드맵을 세우면 환경부에서 세부 사항을 연구하는 쪽으로 가야 바람직하다”라고 말했다.

때문에 업계나 학계에서는 소비자의 건강을 놓고 부처 간 밥그릇 싸움을 벌이는 것이 아니냐는 비난이 일고 있다. 또, 관련 연구를 아예 보건복지부나 식약청으로 이관해야 한다는 목소리도 나오고 있다. 익명을 요구한 한 학계 관계자는 “옛 정통부 기금을 일부 지원받았다는 이유로 연구 결과조차 마음대로 공개하지 못하는 경우가 있다. 휴대전화 전자파 연구의 실효성을 위해서는 정부가 유해성 여부를 가려내겠다는 의지를 갖는 것이 중요하다”라고 강조했다.