문고문은 부인 김씨와의 사이에 1남1녀를 두었다. 건국대를 거쳐 미국 파슨스 디자인 앤드 테크놀로지 스쿨에서 석사 학위를 받은 아들 준용씨는 한때 취업 특혜 의혹을 받았다. 지난 2007년 초 노동부 산하 고용정보원이 직원을 뽑으면서 채용 공고에 ‘PT 및 동영상 전문가’라는 말을 넣지 않아 결과적으로 준용씨 한 명만 응모하게 만들었다는 것이다. 당시 정진섭 한나라당 의원은 “권재철 고용정보원장이 청와대에 근무할 때의 인연으로 특혜를 준 것이 아니냐”라고 주장했다. 권원장은 문고문이 민정수석비서관으로 재임하던 시절 민정수석실 행정관을 지냈다. 이러한 의혹 제기에 대해 고용정보원측은 “준용씨의 토플 점수도 높았고 기업 공모전에서 여러 차례 입상한 것 등 충분한 자격이 있었을 뿐이며, 입사에 특혜는 전혀 없었다”라고 해명했다. 준용씨는 2008년 3월 초에 휴직한 후 미국으로 유학을 떠났고, 2010년 1월 말 고용정보원을 퇴사한 것으로 알려졌다. 지금은 대학 강사로 활동하고 있다. 딸 다혜씨는 결혼 후 주부로 지내고 있으며, 남편은 회사를 다니다가 미국 로스쿨 유학을 준비 중이라고 한다. 다혜씨는 아버지의 대선 출마를 반대한 것으로 알려졌다. 문고문의 대선 출마 선언 행사에도 참석하지 않았다.
한편 함경도 흥남이 고향인 문고문의 부모는 한국전쟁 때 경남 거제로 피난을 갔다. 흥남시청 농업계장을 지낸 문고문의 아버지는 포로수용소 노무 일을 했고, 어머니는 계란을 떼어다가 파는 행상을 했다. 문고문은 1953년 거제에서 태어났고 그가 초등학교에 입학할 무렵 부산 영도로 이사했다. 아버지는 문고문이 군대를 제대한 직후 세상을 떠났고, 어머니는 현재 부산 영도에 살고 있다. 형제는 5남매이다. 누나 재월씨와 여동생 재성·재실 씨는 주부, 남동생 재익씨는 선장으로 일하고 있는 것으로 알려졌다.
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