공안문제연구소는 경기도 용인시 경찰대학 본관 건물 4층에 있다. 경찰대 부설 기관으로 1988년 10월20일 설립되었다. 내외정책연구소(1978년 설립)가 전신이다.

10월17일 현재 공안문제연구소에는 21명이 근무하고 있다. 부서는 연구1부·연구2부·연구분석과·서무과로 나뉘어 있다. 서무과는 현직 경찰 3명 등 7명이 근무하며 연구 업무를 지원한다. 경찰대학 사무 분장 규칙에 따르면, 연구1부는 북한의 대남 전술을 분석하고 대공 이론을 개발한다. 연구2부는 해외 공산주의 연구와 반국가 단체를 연구하고, 경찰이나 대국민 안보 교육은 연구분석과 몫이다. 주요 업무인 감정 업무는 부서를 가리지 않고 연구1부·2부·연구분석과가 모두 맡고 있다.

감정 업무는 별정직 공무원 신분인 14명이 담당한다. 소장은 행정고시 출신으로 서울지방경찰청 차장을 역임한 전병룡 전 치안감(별정직 2급)이다. 전소장은 실무를 담당하지 않는다. 실질적인 감정은 13명 몫이다. 13명이 지난해에만 7천7백10건을 감정했다. 한 사람당 5백93건씩 감정한 셈이다.

공안문제연구소는 경찰대학에 지원하는 일반 예산의 일부로 운영된다. 올해 예산 규모는 4천9백87만8천원이다. 연구관이나 직원 임금을 제외한 액수다. 1년에 여섯 번 발행하는 <공안연구> 발간에 주로 쓰인다. 기능직 임금까지 포함한 운영 경비가 1998년 국정감사 때 공개된 적이 있는데, 당시 6억2천2백만원이었다. 하지만 이것이 전부는 아니다. 지금까지 한 번도 공개되지 않은 경비가 있다. 바로 정보 예산이다.

열린우리당 최규식 의원에게 제출한 행정자치부 자료에 따르면, 공안문제연구소도 국정원이나 기무사처럼 일반 예산 이외에 정보 예산을 따로 편성해 지원하고 있다고 밝혔다. 그 액수는 정보위원회 소관이라며 공개하지 않았다. 공안문제연구소 관계자는 “정보 예산 명목으로 받는 돈은 많지 않다”라고 말했다.